Muitas empresas contratam prestadores MEI para serviços pontuais ou projetos específicos, pagando pela nota fiscal em vez de registrar como funcionário CLT. Isso é legal quando a relação realmente tem características de prestação de serviço autônoma — horário flexível, uso de equipamento próprio, possibilidade de atender outros clientes.
Se a Justiça do Trabalho identificar que a relação tem, na prática, subordinação, horário fixo controlado pela empresa, exclusividade e uso de equipamentos da contratante — características típicas de emprego — pode reconhecer vínculo empregatício mesmo com contrato PJ/MEI, gerando obrigações trabalhistas retroativas para a empresa.
Como prestador MEI, vale manter outros clientes ativos (não trabalhar só para uma empresa) e evitar receber ordens diretas de subordinação, para reduzir o risco de a relação ser reclassificada como vínculo empregatício.