O MEI paga um valor fixo mensal (o DAS), independente de quanto faturou naquele mês, e não precisa de contador para a maior parte das obrigações. Já a Microempresa paga um percentual do faturamento (que varia por faixa e atividade), precisa de contabilidade formal, e tem mais exigências de documentação e escrituração.
Ambas fazem parte do Simples Nacional, mas em faixas diferentes de enquadramento. A transição de MEI para ME acontece automaticamente quando o faturamento ultrapassa o limite do MEI, ou pode ser feita voluntariamente antes disso, se o negócio precisar de mais funcionários ou de outras atividades não permitidas para MEI.
Migrar para ME antes de precisar não costuma valer a pena, dado o aumento de custo com contabilidade e impostos — a recomendação geral é permanecer MEI o máximo de tempo possível dentro do limite, e migrar só quando o crescimento do negócio realmente exigir.