Para serviços, a maioria das prefeituras tem um sistema próprio de Nota Fiscal de Serviço Eletrônica (NFS-e), acessado com o CNPJ e uma senha cadastrada previamente no portal municipal. Para produtos, o processo passa pela Nota Fiscal Eletrônica (NF-e) ou Nota Fiscal do Consumidor Eletrônica (NFC-e), dependendo do estado e do tipo de venda (para outra empresa ou para consumidor final).
MEI é obrigado a emitir nota fiscal sempre que vende para outra pessoa jurídica (CNPJ), mesmo que o valor seja pequeno. Para vendas a pessoa física (CPF), a emissão é opcional na maioria dos estados, mas recomendada para manter controle financeiro organizado.
Cada prefeitura tem seu próprio sistema e processo de cadastro — vale pesquisar especificamente o portal da sua cidade, já que não existe um sistema nacional único para nota fiscal de serviço.