Antes de encerrar, é importante quitar todas as guias DAS pendentes e enviar a Declaração Anual (DASN-SIMEI) do último ano de atividade, mesmo que parcial. Depois disso, o cancelamento no portal gera automaticamente a baixa também na Junta Comercial e na Receita Federal, sem necessidade de contador na maioria dos casos.
Encerrar o MEI sem regularizar pendências (DAS em atraso, declarações não entregues) pode gerar cobrança posterior mesmo depois da baixa, já que débitos anteriores continuam vinculados ao CPF do titular.
Se o motivo do encerramento for migrar para outro tipo de empresa (ME, por exemplo), não é necessário dar baixa no MEI — o processo correto nesse caso é solicitar o desenquadramento, não o cancelamento, para manter o mesmo CNPJ.